3 New project¶
Project layout¶
To standardize project analysis, the following directory structure is recommended.
.
sce
├── 1.reference
│ ├── genome
│ ├── mrna
│ ├── ncrna
│ ├── norm
│ ├── rrna
│ ├── rsem-index
│ ├── star-index
│ └── trna
├── 2.rawdata
│ ├── ribo-seq
│ └── rna-seq
├── 3.rna-seq
│ ├── 1.cleandata
│ ├── 2.bowtie
│ ├── 3.star
│ ├── 4.quantification
│ └── 5.riboparser
│ ├── 01.qc
│ ├── 02.digestion
│ ├── 03.offset
│ ├── 04.density
│ ├── 05.merge
│ ├── 06.periodicity
│ ├── 07.metaplot
│ ├── 08.coverage
│ ├── 09.correlation
│ ├── 10.quantification
│ ├── 11.shuffle
│ └── 12.retrieve
├── 4.ribo-seq
│ ├── 1.cleandata
│ ├── 2.bowtie
│ ├── 3.star
│ ├── 4.quantification
│ └── 5.riboparser
│ ├── 01.qc
│ ├── 02.digestion
│ ├── 03.offset
│ ├── 04.density
│ ├── 05.merge
│ ├── 06.periodicity
│ ├── 07.metaplot
│ ├── 08.coverage
│ ├── 09.correlation
│ ├── 10.quantification
│ ├── 11.pausing_score
│ ├── 12.codon_occupancy
│ ├── 13.codon_decoding_time
│ ├── 14.codon_selection_time
│ ├── 15.coefficient_of_variation
│ ├── 16.cumulative_of_cov
│ ├── 17.meta_codon
│ ├── 18.odd_ratio
│ ├── 19.pause_site_plot
│ ├── 20.frame_shift
│ ├── 21.shuffle
│ ├── 22.retrieve
│ └── 23.geneplot
├── 5.smorf
│ ├── 01.scanner
│ ├── 02.cluster
│ ├── 03.evidence
│ └── 04.quant
└── 6.serp
├── 01.peak
├── 02.overlap
├── 03.summary
├── 04.peak_plot
├── 05.metaplot
└── 06.properties